Il Museo della Basilica di S. Maria delle Grazie è un museo di arte sacra che comprende una collezione di opere, per lo più dipinti, appartenenti al Quattrocento fiorentino, alcune tele seicentesche ed arredi sacri come suppellettili di argenteria e paramenti liturgici.
Il Museo, la cui istituzione risale al 1864, aperto al pubblico dal 1990 e oggetto di un nuovo allestimento nel 2005, raccoglie opere che vanno dalla fine del Trecento fino al pieno Seicento, ma il nucleo principale appartiene al Rinascimento fiorentino: dalle opere tardogotiche di Mariotto di Nardo e di Giovanni Del Biondo, si passa alle tavole di artisti che hanno in parte recepito la straordinaria modernità di Masaccio, tra cui Mariotto di Cristofano, nativo di S. Giovanni Valdarno, suo cognato e forse suo primo maestro e Giovanni di ser Giovanni detto Lo Scheggia, fratello minore di Masaccio. La nuova visione rinascimentale dei celebri artisti fiorentini come Botticelli, Filippo Lippi e lo stesso Beato Angelico si coglie attraverso le opere di Jacopo del Sellaio e Domenico di Michelino. Tra le tele del Seicento spicca la bella “Decollazione del Battista” di Giovanni Mannozzi detto Giovanni da S. Giovanni. Nel 2019 grazie a un nuovo allestimento della sala del Seicento è stato ricostruito l’antico altare dell’Oratorio, distrutto per un incendio nel 1596, a cui avevano lavorato artisti come Buontalenti, Giulio Parigi e maestranze granducali.
Il capolavoro della raccolta è l’Annunciazione del Beato Angelico, una delle tre Annunciazioni su tavola dipinte dal frate domenicano insieme a quelle conservate nel Museo del Prado di Madrid e nel Museo diocesano di Cortona. L’opera rappresenta uno dei capolavori assoluti del Rinascimento in cui si riuniscono i simbolismi religiosi medievali con la nuova visione rinascimentale, attenta alla prospettiva, alla celebrazione della grandezza dell’uomo e della natura e alla contemplazione del mistero dell’Incarnazione come esperienza ad un tempo celeste e terrena.